2019年2月12日，國(guó)際著名學(xué)術(shù)期刊Cell Reports（《細(xì)胞通訊》）在線發(fā)表了中國(guó)科學(xué)院上海營(yíng)養(yǎng)與健康研究所隸屬的計(jì)算生物學(xué)研究所（中國(guó)科學(xué)院-馬普學(xué)會(huì)計(jì)算生物學(xué)伙伴研究所）韓敬東研究組的論文“Immune cell types and secreted factors contributing to inflammation-to-cancer transition and immune therapy response”。該研究基于多組織的癌癥基因組學(xué)數(shù)據(jù)構(gòu)建計(jì)算方法，挖掘多個(gè)組織中炎癥-癌癥轉(zhuǎn)變的共同基因模塊和影響該過(guò)程的關(guān)鍵免疫細(xì)胞及相關(guān)分泌因子，為癌癥早期檢測(cè)提供了潛在的生物標(biāo)記物。
盡管人們已知慢性炎癥增加多種癌癥的風(fēng)險(xiǎn)，然而炎癥如何促進(jìn)癌癥發(fā)展仍然沒(méi)有被明確研究。其中，判斷炎癥組織何時(shí)向癌癥轉(zhuǎn)變至關(guān)重要。為實(shí)現(xiàn)無(wú)偏檢測(cè)免疫細(xì)胞及其分泌因子影響炎癥-癌癥轉(zhuǎn)變的分子機(jī)制，本課題研究人員開(kāi)發(fā)了計(jì)算方法“SwitchDetector”。分別基于肝癌、胃癌和結(jié)腸癌的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，識(shí)別出血管生成作為多種癌癥的炎癥-癌癥轉(zhuǎn)變的共同關(guān)鍵事件；并利用浸潤(rùn)免疫細(xì)胞類型的組成情況、以及其分泌或抑制的胞外因子來(lái)預(yù)測(cè)該關(guān)鍵事件的基因表達(dá)。這些識(shí)別出的胞外因子可作為潛在的癌癥前、癌癥早期檢測(cè)的生物標(biāo)記物，并且可以與血管生成基因一起實(shí)現(xiàn)癌癥預(yù)后和病人免疫治療響應(yīng)的準(zhǔn)確預(yù)測(cè)。SwitchDetector軟件以及炎癥-癌癥（inflammation-to-cancer, I2C）數(shù)據(jù)庫(kù)在www.inflammation2cancer.org公開(kāi)發(fā)布，可供下載和查詢。
該研究工作主要由韓敬東研究組陳興委博士、徐遲博士和洪勝君博士合作完成，得到國(guó)家自然科學(xué)基金委員會(huì)（91329302；91749205；31210103916；91519330）、科技部（2015CB964803；2016YFE0108700）、中國(guó)科學(xué)院（XDB19020301；XDA01010303）的資助。
原文鏈接：https://doi.org/10.1016/j.celrep.2019.01.080
炎癥-癌癥轉(zhuǎn)變事件檢測(cè)的流程概念圖
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