近日，國際學術(shù)期刊Genomics, Proteomics & Bioinformatics在線發(fā)表了中國科學院上海生命科學研究院（營養(yǎng)與健康院）中國科學院－德國馬普計算生物學伙伴研究所楊力研究組關(guān)于環(huán)形RNA研究的最新進展“CIRCpedia v2: An Updated Database for Comprehensive Circular RNA Annotation and Expression Comparison”。該研究通過整合分析多物種環(huán)形RNA數(shù)據(jù)，發(fā)布了升級版的環(huán)形RNA數(shù)據(jù)庫CIRCpedia v2（http://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia/）。
升級版的環(huán)形RNA數(shù)據(jù)庫CIRCpeida v2共收錄了6個物種（包含人、小鼠、大鼠、斑馬魚、果蠅和線蟲）中超過180個樣品的環(huán)形RNA計算分析結(jié)果。主要通過CIRCexplorer2和MapSplice計算流程統(tǒng)計獲得了262,782個環(huán)形RNA分子，其中包括73,972個可變反向剪接事件。使用者可通過檢索和下載模塊獲取環(huán)形RNA基因組坐標、表達水平、可變反向剪接、人鼠保守性等多樣化信息，通過瀏覽模塊在基因組上圖形化查看環(huán)形RNA具體表達模式，并通過新的在線分析工具對不同樣品中的環(huán)形RNA開展比較分析。這一升級版的環(huán)形RNA數(shù)據(jù)庫網(wǎng)站為環(huán)形RNA研究提供了一個全面和綜合性的平臺，為深入開展環(huán)形RNA功能研究提供了數(shù)據(jù)支持和理論依據(jù)。
楊力研究組長期從事RNA組學研究，通過合作研究系統(tǒng)揭示內(nèi)含子互補配對序列對環(huán)形RNA表達的關(guān)鍵作用（Zhang et al., Cell 2014; Zhang et al., Cell Rep 2016）；表明不同順式內(nèi)含子互補配對序列間的競爭性配對可以導致環(huán)形RNA的可變反向剪接，進而從一個基因位點產(chǎn)生多個環(huán)形RNA分子（Zhang et al., GenomeRes 2016）；通過系統(tǒng)衡量不同物種中順式作用元件對環(huán)形RNA生成的作用，闡明人基因組中所蘊含的大量內(nèi)含子Alu序列是環(huán)形RNA在人中高表達的主要原因之一（Dong et al., RNABiol 2017）；發(fā)現(xiàn)反式作用蛋白因子NF90/NF110對環(huán)形RNA表達調(diào)控和功能作用的新機制（Li et al., Mol?Cell?2017）；并多次發(fā)表應邀綜述，系統(tǒng)總結(jié)環(huán)形RNA的生成加工及其潛在生物學功能的最新進展（Yang, WIREs RNA 2015; Chen and Yang, Trends Cell Biol 2017; Li et al., Mol Cell 2018）。
該項研究在楊力研究員指導下，由計算生物學研究所研究助理董瑞博士（現(xiàn)為Harvard大學博士后）、碩博連讀研究生馬旭凱和李國衛(wèi)共同完成，并得到了國家基金委和中科院的經(jīng)費支持。
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