2月10日，上海生化細(xì)胞所陳玲玲研究員與上海生科院（健康院）計(jì)算生物學(xué)所楊力研究員受邀在《Trends Cell Biol》發(fā)表了題為“ALUternative Regulation for Gene Expression.”的綜述論文，系統(tǒng)總結(jié)了靈長(zhǎng)類（包括人）基因組中特異的Alu短散在核重復(fù)序列（short interspersed nuclear elements）在基因表達(dá)過程中的重要調(diào)控作用。
45%的人類基因組序列由轉(zhuǎn)座子來源的序列構(gòu)成，其中很重要的一部分是短散在核重復(fù)序列（short interspersed nuclear elements, SINE）。在包括人在內(nèi)的靈長(zhǎng)類基因組中存在一類特殊的SINE序列－Alu序列，其約300 bp長(zhǎng)。其中，人類基因組中包含了超過一百萬個(gè)的Alu序列，占據(jù)了人類基因組超過11%的序列構(gòu)成。Alu等重復(fù)序列在前期通常被認(rèn)為是無用的“垃圾”序列，但是隨著研究的深入，大量的證據(jù)表明Alu無論是在基因組進(jìn)化（DNA和轉(zhuǎn)錄調(diào)控水平），還是在遺傳信息的多樣性（表觀遺傳調(diào)控和RNA水平）都發(fā)揮重要的調(diào)控作用。有意思的是,Alu序列可以通過RNA Polymerase III獨(dú)立轉(zhuǎn)錄、或者是通過RNA Polymerase II共轉(zhuǎn)錄，產(chǎn)生各色各樣的RNA分子并發(fā)揮重要的基因表達(dá)
調(diào)控作用，例如,大量存在于內(nèi)含子的Alu序列可以通過反向互補(bǔ)形成RNA配對(duì)結(jié)構(gòu)（inverted repeated Alu sequences, IRAlus）調(diào)控環(huán)形RNA的生成加工，而人基因組中所蘊(yùn)含的大量特殊Alu序列則是環(huán)形RNA在人中高表達(dá)的主要原因之一。發(fā)表在《Trends Cell Biol》上的這一特邀綜述論文，主要對(duì)上述多種Alu序列的重要調(diào)控新功能進(jìn)行了總結(jié)和展望。
陳玲玲研究組致力于長(zhǎng)非編碼RNA和環(huán)形RNA的代謝機(jī)制與功能作用研究，楊力研究組專注于轉(zhuǎn)錄組RNA計(jì)算生物學(xué)研究。近期通過合作，系統(tǒng)揭示了多種新型長(zhǎng)非編碼RNA，并全面揭示了這些特殊結(jié)構(gòu)非編碼RNA生成加工的新機(jī)制及其潛在的重要生物學(xué)功能，極大地推動(dòng)了長(zhǎng)非編碼RNA研究領(lǐng)域的發(fā)展，其在Alu序列對(duì)環(huán)形RNA生成加工機(jī)制的合作研究處于該領(lǐng)域的國際領(lǐng)先水平（Zhang et al, Cell, 2014; Zhang et al, Cell Rep, 2016; Zhang et al, Genome Res, 2016; Dong et al, RNA Biol, 2017; etc），并多次撰寫相關(guān)研究進(jìn)展綜述（Chen and Yang, RNA Biol, 2015; Yang, WIREs RNA, 2015; Chen, Nat Rev Mol Cell Biol, 2016; etc）。
相關(guān)研究獲得了中國科學(xué)院、科技部、國家自然科學(xué)基金委、以及上海市科委等的經(jīng)費(fèi)支持。 (科技處)
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