10月15日下午，中國(guó)科學(xué)院上海營(yíng)養(yǎng)與健康研究所所級(jí)科學(xué)數(shù)據(jù)中心舉辦了“生物元數(shù)據(jù)治理與管理平臺(tái)應(yīng)用”培訓(xùn)，旨在幫助科研人員了解和掌握生物元數(shù)據(jù)治理的關(guān)鍵技術(shù)和方法，通過(guò)有效的元數(shù)據(jù)治理策略，提升生物樣本數(shù)據(jù)的可用性和研究?jī)r(jià)值。本次培訓(xùn)由中心吳祉樂(lè)工程師擔(dān)任主講人。
吳祉樂(lè)首先系統(tǒng)地介紹了生物元數(shù)據(jù)的概念、類型及其在科學(xué)研究中的關(guān)鍵作用。生物元數(shù)據(jù)是指描述生物樣本或?qū)嶒?yàn)條件特性的數(shù)據(jù)，對(duì)于理解復(fù)雜的生物信息至關(guān)重要。這些數(shù)據(jù)包括樣本采集時(shí)間、地點(diǎn)、環(huán)境特性以及宿主狀態(tài)等關(guān)鍵信息，為后續(xù)的數(shù)據(jù)分析提供了必要的上下文。然而，隨著生物數(shù)據(jù)量的不斷增長(zhǎng)，不同數(shù)據(jù)庫(kù)之間存在的技術(shù)差異和組織架構(gòu)差異導(dǎo)致了數(shù)據(jù)整合難、利用效率低等問(wèn)題。
針對(duì)這些挑戰(zhàn)，吳祉樂(lè)重點(diǎn)講解了中心提出的一套系統(tǒng)的組學(xué)樣本元數(shù)據(jù)治理策略。該策略包括從主流生物樣本組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)中收集大量的元數(shù)據(jù)；設(shè)計(jì)穩(wěn)定且兼容性強(qiáng)的數(shù)據(jù)架構(gòu)來(lái)重組元數(shù)據(jù)；基于實(shí)際需求建立如水圈數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)等的數(shù)據(jù)規(guī)范；最后，通過(guò)數(shù)據(jù)消歧、填補(bǔ)和標(biāo)準(zhǔn)化等一系列措施對(duì)元數(shù)據(jù)進(jìn)行治理，并將處理后的元數(shù)據(jù)回流至原始數(shù)據(jù)庫(kù)以確保長(zhǎng)期有效性。吳祉樂(lè)還以水圈數(shù)據(jù)集為例對(duì)該策略進(jìn)行了詳細(xì)說(shuō)明。
為了更好地解決上述問(wèn)題，所級(jí)科學(xué)數(shù)據(jù)中心開(kāi)發(fā)了國(guó)際生物組學(xué)元數(shù)據(jù)管理平臺(tái)AntNest（https://www.biosino.org/antnest），吳祉樂(lè)在培訓(xùn)現(xiàn)場(chǎng)進(jìn)行了展示。該平臺(tái)以“螞蟻搬家”的方式實(shí)現(xiàn)國(guó)際公共數(shù)據(jù)庫(kù)中海量組學(xué)原始測(cè)序數(shù)據(jù)的下載、本地化、整合、歸檔和管理。旨在促進(jìn)全球范圍內(nèi)生物數(shù)據(jù)資源的有效管理和利用。
培訓(xùn)過(guò)程中，學(xué)員們積極參與，踴躍發(fā)言，并與吳祉樂(lè)就元數(shù)據(jù)治理的具體技術(shù)細(xì)節(jié)進(jìn)行了深入討論。通過(guò)此次培訓(xùn)，科研人員不僅提升了對(duì)生物元數(shù)據(jù)治理重要性的認(rèn)識(shí)，也掌握了一系列實(shí)用的方法論指導(dǎo)。
營(yíng)養(yǎng)與健康所所級(jí)科學(xué)數(shù)據(jù)中心將持續(xù)舉辦相關(guān)主題的培訓(xùn)活動(dòng)，以幫助更多的科研人員了解中心提供的保全、保供、增值、定制等四類服務(wù)。同時(shí)，所級(jí)科學(xué)數(shù)據(jù)中心還設(shè)計(jì)了相關(guān)的調(diào)研問(wèn)卷（詳見(jiàn)文末二維碼），誠(chéng)邀科研人員提出寶貴的意見(jiàn)和建議，以便進(jìn)一步優(yōu)化和提升服務(wù)質(zhì)量。通過(guò)與科研人員的積極互動(dòng)和反饋，中心將不斷改進(jìn)服務(wù)流程，提升技術(shù)支持質(zhì)量，為進(jìn)一步滿足科研需求提供更加優(yōu)質(zhì)的服務(wù)。
國(guó)際生物組學(xué)元數(shù)據(jù)管理平臺(tái)
吳祉樂(lè)作培訓(xùn)報(bào)告
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